Nästan 370 000 studenter från Kina fanns inskrivna vid amerikanska universitet under läsåret 2018-19.
En taleskvinna för USA:s utrikesdepartement beskrev de vars visum återkallades som ”högriskstudenter och forskare”.
Hon sade vidare att de utgjorde en ”liten delmängd” av det totala antalet kinesiska studenter.
”Vi fortsätter att välkomna legitima studenter och forskare från Kina som inte främjar det kinesiska kommunistpartiets mål om militär dominans” sade taleskvinnan.
Det kinesiska utrikesdepartementet fördömde beslutet vid en daglig pressträff i Peking.
”Detta är regelrätt politisk förföljelse och rasdiskriminering. Det kränker allvarligt de mänskliga rättigheterna för dessa kinesiska studenter”, sade talesmannen Zhao Lijian, och tillade att Kina förbehåller sig rätten till ”ytterligare respons”.
Tillkännagivandet den 29 maj anklagade Kina för att delta i en ”omfattande och välfinansierad kampanj för att förvärva känslig amerikansk teknik och immateriella rättigheter” och sade att man använde vissa studenter ”som icke-konventionella insamlare av immateriella rättigheter”.
Vissa kinesiska studenter i USA säger att de möter ökad fientlighet och misstänksamhet på sina universitetsområden, och att deras skäl för att studera ifrågasätts.
Även om det knappast var oväntat, slår detta beslut ändå ner som en bomb för de nästan 370 000 kinesiska medborgare som studerar i USA.
Många av dem har varit oroliga över de ökande spänningarna mellan USA och Kina, särskilt granskningen av kinesiska studenter i Amerika gällande teknikstöld och ekonomiskt spionage.
USA:s biträdande utrikesminister David Stilwell sade förra månaden att ”vi måste försvara oss” mot kinesiska medborgare som döljer sin militära anknytning och kommer till USA ”maskerade” till studenter,. De amerikanska myndigheterna har åtalat flera kinesiska medborgare för visumbedrägeri och stöld av företagshemligheter.
Men många kinesiska studenter ser Washingtons beslut som orimligt och de fruktar att de används som en bricka i den eskalerande konflikten mellan USA och Kina.
Enligt en undersökning bland de drabbade studenterna så sträcker sig de återkallade viseringarna utöver kinesiska doktorander inom avancerade vetenskapliga områden, även de som gör sin grundutbildning och de som studerar ekonomi och finans är berörda.
Utbildningsutbyte var förut en hörnsten i USA:s och Kinas samarbete, men det har nu förvandlats till en ny front i den bilaterala konflikten. Ytterligare ett trätoämne gäller Kinas behandling av sin muslimska minoritet, som enligt chefen för Homeland Security, Chad Wolf, innebär slavarbete i Xinjiangregionen. Wolf bekräftade också att de indragna viseringarna drabbade ”vissa kinesiska studenter och forskare med band till Kinas övergripande militärstrategi för att förhindra att de stjäl eller på annat sätt kommer över känslig forskning”.
USA:s tullverk har förberett för att blockera importen av bomulls- och tomatprodukter från Xinjiangregionen, med det har ännu inte officiellt trätt i kraft.
